Ένα από τα βασικά εμπόδια που οδήγησαν τον Θοδωρή Ζαγοράκη σε παραίτηση, είναι η Θεσσαλονίκη και ποιο συγκεκριμένα οι ομάδες ποδοσφαίρου της συμπρωτεύουσας, σε συνδυασμό με το πολιτικό του μέλλον.
Ο κ. Ζαγοράκης γνωρίζει ότι η εκ νέου μετακίνησή του προς τις Βρυξέλλες θα είναι πάρα πολύ δύσκολη, για αυτό και προσανατολίζει το πολιτικό του μέλλον στη Θεσσαλονίκη, πάντα μέσα από τα ψηφοδέλτια της Νέας Δημοκρατίας.
Όμως, μέσα από την εμπλοκή του στην προεδρία της ΕΠΟ κατάφερε να βάλει απέναντί του, τους φιλάθλους και του ΠΑΟΚ και του ΑΡΗ.
Οι φίλαθλοι του ΑΡΗ «θύμωσαν» πολύ με τον Πρόεδρο της ΕΠΟ, Θ. Ζαγοράκη, για το -6 που ξεκινάει η ομάδα ποδοσφαίρου το πρωτάθλημα, ενώ οι Φίλαθλοι του ΠΑΟΚ δεν τα πάνε καλά ούτε με την Κυβέρνηση της Νέας Δημοκρατίας, ούτε με όσους έχουν στήριξη από τον Ολυμπιακό και τον Βαγγέλη Μαρινάκη.
Όλα τα παραπάνω δυσκολεύουν την πολιτική σταδιοδρομία του αρχηγού της Εθνικής Ελλάδας του EURO 2004, στο Ελληνικό Κοινοβούλιο, εκτός και αν έφυγε έγκαιρα από την ΕΠΟ.
Υ.Γ. Εκτός από τον Θοδωρή Ζαγοράκη και η επίσης Ευρωβουλευτής της ΝΔ, Μαρία Σπυράκη, γλυκοκοιτάει την κάθοδο στην Ελλάδα, μέσω Θεσσαλονίκης.